עד מבצע "קדש" הושם הדגש בצה"ל בעיקר על תחומי ארגון ומבנה, התקופה שבין מערכת סיני לבין מלחמת ששת הימים עמדה בסימן בניית עוצמתו של הצבא.
בניית צה"ל לאחר מערכת סיני נעשתה, בין היתר, על סמך לקחי מבצע זה ותוך ראיית המלחמה הבאה, שעל פי ההערכה הייתה אמורה להיות שונה לחלוטין. לקחי המערכה מוצו על ידי צוות בין-חיילי במטכ"ל, אשר עליו הוטלה המשימה לתכנן מחדש את מערך הכוחות של צה"ל . התכנית שהותוותה על ידי צוות התכנון הזה הופעלה החל בשנת 1958 והייתה מבוססת על הנחות יסוד אחדות:
* יש להכין את צה"ל לאפשרות שבמלחמה הבאה ייטלו חלק כל הצבאות הערביים הסדירים המוצבים בגבולות ישראל, לרבות חיל-משלוח עיראקי.
* עיתוי המלחמה ייקבע על-ידי האויב.
* הערבים ייהנו מעדיפות בכמות המטוסים, הטנקים, והתותחים, ובמספר העוצבות.
* המגבלות המדיניות והמסגרת האסטרטגית הגלובאלית יאפשרו משך לחימה קצר בלבד.
הפיקוד העליון הועמד בפני הצורך לפתח מערך כוחות שיאפשר לצה"ל לערוך בתחילת המלחמה מתקפת-נגד מכרעת בחזית העיקרית ולהביס את שאר הכוחות התוקפים בזמן קצר, תוך העברת כוחות מחזית לחזית. במילים אחרות: לבנות צבא, שעל אף היותו צבא-מילואים, יוכל בכל זאת להגיע להפעלת מלוא כוחו בהתראה קצרה ביותר ויוכל להכריע את כל צבאות ערב בימים ספורים.
סדר הכוחות החדש של צה"ל שנבנה לאחר מערכת סיני, הוכיח את עצמו במלחמת ששת הימים. נתוני הפתיחה של מלחמה זו היו זהים כמעט לגמרי לנתונים הקשים ביותר שניצפו מראש: מלחמה של כל צבאות ערב סביב ישראל (לרבות הצבא העיראקי), קביעת מועד המלחמה על-ידי הערבים, ריכוז הכוחות הערביים ותנועתם לחזית ללא הפרעה.